正規(guī)廠家生產的高效沸騰干燥機在生產過程中會覆蓋一層保護層，可以減緩高效沸騰干燥機的腐蝕程度。在現(xiàn)有的生產技術水平上，高效沸騰干燥機的保護層一般是金屬保護層和非金屬保護層。
高效沸騰干燥機的金屬保護層主要采用電鍍、噴涂、化學鍍等方法，高效沸騰干燥機采用合金金屬作為耐腐蝕層。
高效沸騰干燥機保護層的一個簡單方法是在表面涂一層油漆，涂在高效沸騰干燥機表面。最終固化的油漆會形成一層薄薄的涂層，可以在一定程度上保護高效沸騰干燥機的腐蝕。這是一種非金屬保護層，除此之外，還有許多其他的非金屬保護層。
為高效沸騰干燥機制作非金屬保護層，也可在干燥機允許的部分制作硬、軟聚氯乙烯。硬、軟聚氯乙烯具有良好的耐腐蝕性，HIA具有一定的機械強度，易于焊接和成型。但并不是所有高效沸騰干燥機的地方都能做硬、軟聚氯乙烯保護層，因為它的耐磨性不是很好，所以只是在可以的地方做這樣的保護層。